Az ezredforduló körül
1994-ben Lantos Istvánt választották meg a Zeneakadémia rektorának. Az ő vezetése alatt, 1995-ben indult meg a hároméves doktori képzés: elsőként a zenetudományi doktori program (PhD), amelyet az egyházzenei szak, majd a zeneszerzés, és végül 1998 őszén az előadói DLA (Doctor of Liberal Arts) programok követtek.
1997 szeptemberétől Falvai Sándor zongoraművész vette át az egyetem irányítását, aki a felsőoktatási rendszer átalakításának nehéz időszakában a Zeneakadémia talpon maradását, lassú építkezését, fejlődését tűzte ki célul. Rektorságának első évében felmerült egy zeneterápiai doktori program indítása, amelyet végül elvetettek. 1998–2000 közt a felsőoktatásban lezajlott dezintegrációs folyamat eredményeképpen leváltak a Zeneakadémiáról a vidéki tanárképző karok: első körben létrejött a Miskolci Egyetem Bartók Béla Zeneművészeti Intézete, a Debreceni Egyetem Konzervatóriuma és a Győri Széchenyi Főiskola Művészeti Fakultása, majd 2000-ben levált a Pécsi Tanárképző Intézet is. Ettől az évtől kezdve nyerte el az intézmény a máig használatos Liszt Ferenc Zeneművészeti Egyetem (LFZE) elnevezést.
A 2000-es millennium a Zeneakadémia fennállásának 125. évfordulójával esett egybe, amelyet két kiadvánnyal (Szirányi Gábor–Gádor Ágnes: Liszt Academy of Music, illetve ugyanettől a szerzőpárostól a Nagy tanárok, híres tanítványok című kötet), egy kiállítással és egy jótékonysági hangversennyel ünnepelt meg az egyetem. 2001-ben adott helyszínt a Zeneakadémia a XI. Nemzetközi Liszt Ferenc Zongoraversenynek, amelyen Tóth Péter lett a második, a harmadik helyezést pedig Farkas Gábor érte el (első díjat nem osztott ki a zsűri). Ebben az évben indult el a gitár szak Eötvös József vezetésével, a hangszer oktatásának történetében az első magyarországi egyetemi szintű képzésként.
Az ezredfordulót követő években a Zeneakadémiát is elérték a felsőoktatási rendszer jelentős változásai. 2003-ban hirdették ki a Zeneakadémia főépülete tervezett rekonstrukciójának nyerteseit, melynek értelmében a Liszt Ferenc téri szecessziós palota kiviteli terveit Magyari Éva, Pozár Béla és Potzner Ferenc vezette építész csapat kezdhette meg. Szintén 2003-ban lépett életbe a kreditrendszer (lényege, hogy minél több felkészülési időt igényel egy tárgy, annál több kreditpontot ér), majd 2007-ben az ötéves egyetemi képzést felváltó kétlépcsős, úgynevezett bolognai rendszer (a hároméves alapképzést – Bachelor of Arts, BA – kisdiploma zárja, amelyet követően az akár másik intézményben is elérhető specializációval, azaz kétéves mesterképzéssel – Master of Arts, MA – folytathatók a tanulmányok).
2004-től Batta András zenetörténész professzor vette át a Zeneakadémia vezetését, s két cikluson át, 2013-ig tartó rektorsága idején az infrastrukturális fejlesztések mellett nagyszabású, az oktatást és a kulturális tevékenységet is érintő, újrapozicionálással felérő megújulás vette kezdetét. Batta András javaslatára került sor a kecskeméti Kodály Intézet integrálására, amelynek révén a patinás intézetben akkreditált képzés indulhatott. A 130. jubileumi tanévben alapították meg a Genie Oblige – Együtt a Zeneakadémiáért Alapítványt, amely céljai között szerepelt a Zeneakadémián felhalmozódott értékek megőrzése mellett az intézmény szervezetének és működésének modernizálása is. Alma Mater Koncertek néven új hangversenysorozat indult el, s ezzel sok év után újra saját rendezésű koncertekkel jelenhetett meg a Zeneakadémia a hazai kulturális életben.
2007-től indultak el a népzenei szakok a Zeneakadémián, először a Pedagógiai Tanszék keretei között, 2009-től pedig önálló tanszékként Richter Pál vezetésével, öt szakiránnyal. A műhely 2008 februárjában kapott új otthont a Jazz Tanszékkel együtt a Köztelek utca 8. szám alatt a Ferencvárosi Ádám Jenő Zeneiskola épületében, majd átkerült a Semmelweis utcai Tanárképző Intézetbe. A nagyszabású, jórészt Európai Uniós pályázati forrásból megvalósított rekonstrukció munkálatainak megkezdését megelőzően 2009 novemberében három napos rendezvénysorozatot hirdetett az Egyetem Da Capo 2011 – Épületbúcsúztató Fesztivál címmel. A programkavalkád részeként a nagyközönség bepillantást nyerhetett a Zeneakadémia mindennapjaiba, illetve a legnagyobb magyar zenészek koncertjeit hallhatta. A fesztiválon egy maratoni koncertsorozatra is sor került: a Beethoven NonStop három hangversenyén Kocsis Zoltán és a zeneakadémistákkal kiegészült Nemzeti Filharmonikus Zenekar Beethoven mind a kilenc szimfóniáját végigjátszotta egy nap alatt a Nagyteremben.
Az Európai Regionális Fejlesztési Alap társfinanszírozásával, a magyar Kormány támogatásával megvalósuló, KMOP 4.23.1/A_1-2008-0002. sz., „Liszt Ferenc Zeneakadémiája, az európai felsőfokú zenei oktatás megújuló központja Budapesten” című, mindösszesen több mint 13 milliárd forint, 90 százalékában az EU által finanszírozott projekt nemcsak a patinás főépületet érintette. Már a 2003-as tervpályázat során nyilvánvalóvá vált a Liszt Ferenc téri épület túlterheltsége. A bővítés lehetőségét egy új oktatási épület formájában a Wesselényi utca 52. szám alatt álló régi iskolaépület adta meg, ahol a projekt keretében zajló átépítést követően a 2011/12-es tanévben indult el az egyetemi élet. Az összesen hatszintes épületben irodákat, gyakorlótermeket, tantermeket, hangstúdiót, számítógépes termet, büfét és közösségi tereket alakítottak ki.
A Zeneakadémia Liszt Ferenc téri főépületének rekonstrukciója az előzetesen tervezettnél hosszabbra nyúlt előkészületeket követően 2011-ben, az alapító Liszt Ferenc születésének bicentenáriumi évében kezdődött el Csepeli László projektvezető és Lakatos Gergely főmérnök vezetésével. Megújult az épület tartószerkezete, a közönség által kevéssé ismert alagsori és a második emelet fölötti szintek termei, a klímarendszer, illetve új épületvillamossági- és gépészeti technológiák és egy új lift kapott helyet az épületben. A két udvart újraértelmezve hasznosították: a Király utcához közelebbiben a büfé, a Dohnányi utca felőli terek egy részében a Könyvtár kapott új igazgatási helyiséget, illetve rendezvények és fogadások tartására alkalmas átriumot hoztak létre. A Nagyterem falainak díszítése visszanyerte eredeti állapotát, és a Solti Györgyről elnevezett egykori Kisterem festékrétegek rejtette szecessziós díszítése is előkerült. A Solti Teremben az utólagos beépítések visszabontásával és a funkciók átcsoportosításával teljes körű műemléki rekonstrukció keretében született újjá a zenekari árok és a zsinórpadlás, kamaraopera-játszásra újra alkalmassá téve a Zeneakadémia kamaratermét.
A 2010/11-es tanévtől a 2014. tavaszi visszaköltözésig az oktatás Liszt Ferenc téri része egy ideiglenes helyszínen, a Köztelek utcai épület szomszédságában, az Üllői út 25. alatt zajlott. A költözésekkel teli időszakban az oktatás korábbi színvonalát megtartva folytatódott a Zeneakadémián. 2010-ben létrejött az elektronikus zene- és médiaművészet szakirány, egy évvel később pedig az alkalmazott zeneszerzés szakirány. A zenetanárképzés is jelentős változáson ment keresztül: eredetileg a BA képzés elvégzése után választhattak a diákok, hogy a kétéves, vagyis 120 kredites művész mesterképzésen, vagy a szintén kétéves tanári mesterszakon folytatják tanulmányaikat (utóbbi lehetőség később megszűnt), akik pedig a művészdiploma mellett tanári oklevelet is szeretnének szerezni, 60 kredites tanári kiegészítő képzésben vehetnek részt. A 2013/2014-es tanévtől kezdve ezek mellett új, osztatlan képzések is indultak: a 4+1 éves szakok elvégzésével alapfokú, illetve az 5+1 éves tanári szakok elvégzésével alap- és középfokú intézmények hangszer- illetve elméletoktatására szerezhetnek képesítést a hallgatók (az utolsó év összefüggő iskolai tanítási gyakorlatot takar).
A szecessziós zenepalota az „új korszak nyitánya” szlogennel 2013. október 22-én, Liszt születésnapján nyitotta meg újra kapuit, november 1-jétől pedig – első női vezetőként – dr. Vigh Andrea vette át a rektori megbízást. A nagyszabású rekonstrukciós projekt eredményeképp azonban nemcsak az egyetem épületei, hanem szervezete is megújult. A korábban kizárólag hallgatói koncerteket támogató Koncert- és Rendezvényszervezési Osztályból kinőve 2012 őszén Csonka András irányításával megalakult a Kulturális Igazgatóság, 2013 tavaszán pedig a Kommunikációs, marketing és médiatartalom-fejlesztési Igazgatóság Szabó Stein Imre vezetésével. Tevékenységük eredményeképpen 2013 ősze óta a Zeneakadémia nemcsak a magyar zeneoktatás fellegvárát, de világszínvonalú koncertközpontot is jelent. A 2013. őszi ünnepélyes megnyitó ünnepség óta olyan külföldi művészek játszottak a külsőleg megújult, világra szóló akusztikáját tekintve változatlan Nagyteremben, mint Brad Mehldau, Steve Reich, Isabelle Faust, David Lang, Kim Kashkashian, Pekka Kuusisto, Steve Isserlis, Vilde Frang vagy Joshua Bell. Az egyetem diákjai nemcsak hallgatóként tanulhatnak a legjobbaktól, hanem mesterkurzusok, workshopok keretében személyes, szakmai kontaktust is létesíthettek például Rivka Golanival vagy Jordi Savall-lal. A hangversenyek mellett olyan zenei eseményeknek is otthont adott a megújult Zeneakadémia, mint az Európai Zeneakadémiák Országos Szövetségének (Association of European Conservatories – AEC) éves kongresszusa. A Zeneakadémia megújulásának páratlan sikerét jelzi a 2013 óta elnyert hazai és nemzetközi rangos építészeti és kommunikációs elismerések sora.
2014-ben a Zeneakadémia a közoktatás felé is nyitott: „Kodály-módszer a XXI. században” néven három fővárosi oktatási intézménnyel, a Városmajori Gimnáziummal, a Kós Károly Ének-Zene Emeltszintű Általános Iskolával és a Városmajor utcai Óvodával lépett stratégiai szövetségre az intézmény a Kodály-módszer gyakorlati megújítása, és a magyar ének-zenei közoktatás teljes vertikumát reprezentáló mintatagozat létrehozása céljából, mely az alapítók reményei szerint komoly módszertani központtá nőheti ki magát.
A Zenekadémia 2013 őszére megújult, az intézmény duális identitását kifejező, ugyanakkor egységes és markáns arculata 2014 októberében a kreatív szakma legrangosabb nemzetközi díját, a legjelentősebb világmárkák design-teljesítményét elismerő Red Dot Design Award díjat nyerte el. A Zeneakadémia környezetbarát papírra nyomtatott koncertmagazinja és egyestés koncertismertetői a Media Design, Kreatív Craft Award és az Arany Penge versenyeken kaptak több elismerést. 2015 áprilisában újabb kiemelkedő nemzetközi kommunikációs sikert könyvelhetett el: az év elején bemutatott Lisztérium című reklámfilm a Chicagói Filmfesztiválon nyerte el a „televíziós reklámok – intézményi arculat” kategória győzteseként a Silver Hugo díjat.
Ami az építészeti díjakat illeti: 2014 decemberében a 16. alkalommal meghirdetett Magyar Ingatlanfejlesztési Nívódíj Pályázaton kapott elismerést a felújítás. A magyar eredménynek köszönhetően indulhatott a Zeneakadémia rekonstrukciós projektje a FIABCI (Nemzetközi Ingatlanszövetség ) negyed százada alapított, a világ legrangosabb ingatlanfejlesztési versenyének számító Prix d'Excellence nemzetközi nívódíj-pályázatán, ahol két kategóriában is a nagydíj ezüst fokozatával ismerték el a projektet: a Liszt Ferenc Zeneművészeti Egyetem az örökségvédelem kategória, továbbá a speciális épületek kategóriában kapta az elismerést. 2015 áprilisában adták hírül, hogy a legjobb helyreállítási gyakorlatok kiemelkedő példájaként európai kulturális örökség-, azaz Europa Nostra-díjjal tüntették ki a Liszt Ferenc Zeneművészeti Egyetem főépületének rekonstrukcióját a kulturális örökség megőrzésének kategóriájában. Az összesen 28 díjazott projekt közül a Zeneakadémia a június 11-i díjátadón Oslóban a 2015-ös kiírás nagydíját is elnyerte.