Főiskolából egyetem
1949-től kezdve a Zeneművészeti Főiskola oktatási rendjében jelentős változások mentek végbe. Ezeknek Zathureczky – aki közben mint Hubay valóban egyenrangú utóda átvette a hegedűművész-képző vezetését – inkább csak passzív végrehajtója volt. A minisztériumi rendelkezések kezdetben csak formai alkalmazkodást tettek szükségessé az új társadalmi és politikai helyzethez, de az ötvenes évek elejének reformelképzelései már egyértelműen a régi pedagógiai rendszer totális átalakítására törekedtek. Mint minden felsőoktatási intézményben, itt is bevezették a marxizmus-leninizmus oktatását. Ideológiai okokból megszüntették az egyházzenei tanszakot. Háttérbe szorult a művészképzés, egyre nagyobb súlyt helyeztek a tömegnevelésre, a tanárképzésre; ennek érdekében 1949-ben létrehozták a középiskolai énektanár- és karvezetőképző tanszakot. A főiskola növendékeinek száma éppen ekkor, az 1948/49-es tanévben volt a legmagasabb: 910 fő.
Zenetörténeti oktatás kezdettől fogva folyt a Zeneakadémián valamennyi hallgató számára, de nem volt megoldva a kutatói utánpótlás sem a fellendülő magyar zenetörténeti, sem pedig a népzenei kutatások számára. Felmerült a kérdés, hol kapjon helyet az új zenetudományi tanszak. Bár angol és német nyelvterületen az egyetemeken folyt és folyik a zenetudományi képzés, ahol adottak a hallgatók történeti, filológiai, általános irodalmi képzésének keretei, a Zeneakadémia viszont a gyakorlati zenével teremt közvetlen kapcsolatot. Ez utóbbi szempontot elsősorban Kodály Zoltán képviselte. Végül is 1951-ben a Zeneművészeti Főiskolán megalakult a zenetudományi tanszak. 1951 és 1953 között Bartha Dénes, 1953-tól haláláig (1973) Szabolcsi Bence volt a tanszékvezető. Kezdetben kétirányú munka folyt a tanszéken: zenetörténészeket és népzenekutatókat képeztek. Zenetörténetet Szabolcsi Bence, Bartha Dénes, Gárdonyi Zoltán és Kókai Rezső, zeneelméletet Bárdos Lajos, népzenét pedig Kodály Zoltán és Lajtha László tanított.
1952-ben az oktatási reform keretében megszüntették a régi rendszer hármas tagolódását: az előkészítő, akadémiai és művészképző osztályokat, helyébe létrehozták az egységes ötéves főiskolai osztályt, amelynek végén a növendék művésztanári oklevelet kapott. Az új szervezeti felépítés következményeképpen a hallgatók száma 445-re csökkent és minden évben egyre kevesebb lett.
Zathureczky világosan látta, hogy az új oktatási rendszert éppen azok szenvedik meg, akiknek felkarolása az ő elsődleges célja volt, nevezetesen a kiemelkedő művészegyéniségek. Elsősorban ez vezetett oda, hogy fokozatosan visszahúzódott a főiskola aktív irányításától. Kozma Erzsébet főtitkárra hárultak az adminisztratív teendők s ő küzdött meg a felsőbb hatóságokkal is.
Az oktatás színvonala az erőszakos átszervezések ellenére sem csökkent, hiszen továbbra is a tanárok közt találjuk a magyar zenei élet kimagasló személyiségeit. Iskolateremtő volt Kadosa Pál zeneszerző mint zongora főtárgytanár. Az ő keze alól került ki az ötvenes években Kurtág György és Hambalkó Edit, a hatvanas években Kiss Gyula, a hetvenes években Kocsis Zoltán, Ránki Dezső és Schiff András. Kadosán kívül zongora főtárgyat tanított Hernádi Lajos, Bächer Mihály, Antal István, Horusitzky Zoltán, Nemes Katalin, Wehner Tibor, Ungár Imre és Solymos Péter. A vonós tanszék tanárai közül hírneves művész és tanár Garai György, Lukács Pál, Zsámboki Miklós (aki még Popper-tanítvány volt), Banda Ede, Rados Dezső, Országh Tivadar. Zeneszerzés főtárgyat Viski János, Szervánszky Endre és Farkas Ferenc, orgonát Pécsi Sebestyén, karmesterséget Somogyi László, karvezetést Vásárhelyi Zoltán, cimbalmot Rácz Aladár, elméleti tárgyakat többek között Molnár Antal, Legány Dezső, Maros Rudolf, Ligeti György, Szőllősy András, Kókai Rezső, Gárdonyi Zoltán, Ádám Jenő tanított. Az operarendezői szak tanára Oláh Gusztáv volt, és olyan kiváló énektanárok oktattak, mint Hoór Tempis Erzsébet, Maleczky Oszkár, Révhegyi Ferencné és Rösler Endre.
Zathureczky az 1956/57-es tanévben már csak egyetlen órát tartott; a tanítás október 23-án, a budapesti forradalom napján megszakadt. 1956. november 18-án egy meghívásra Bécsbe utazott és többé nem tért haza. 1957. júniusában levelet intézett a művelődésügyi miniszterhez, amelyben lemondott igazgatói állásáról.
A kormányzat május közepén miniszteri biztost nevezett ki a főiskola élére. Az 1956-os forradalom után külföldre távozott a főiskolai tanárok közül Somogyi László és Kertész István karmester, Engel Iván zongoraművész és számos növendék, így a főiskola hallgatóinak száma az 1957/58-as tanévben 340-re csökkent. 1957. szeptember 1-én a főiskola vezetését három tagú igazgatótanács vette át Szabolcsi Bence elnökletével. 1958. szeptember 1-jén Szabó Ferenc zeneszerzőt nevezték ki a főiskola főigazgatójává. Szabó Ferenc az igazgatói teendők ellátása mellett folytatta oktatómunkáját a zeneszerzés tanszéken is. Szabó Ferenc Weiner Leó, Siklós Albert és Kodály tanítványa volt a Zeneakadémián. 1967-ben nyugdíjazták, utóda a főigazgatói székben Kovács Dénes hegedűművész lett.
Kovács Dénes főigazgatóságának első tanévében a kivételes tehetségű zongoristák, hegedűsök és gordonkások képzése céljából speciális Előkészítő Tagozatot nyitott a főiskola, ahová már 8 éves kortól vettek föl növendékeket. Ekkor vezették be a félévi vizsgákat is. Megalapították a főiskolai Nagydíjat, „hogy az arra érdemes, nagy felkészültségű, pódiumra érett fiataljainkat a nagyközönséggel megismertethessük, pályájukon elindíthassuk” (Kovács Dénes évnyitó beszédéből, 1967. szeptember). 1970-ben, Bartók Béla halálának negyedszázados évfordulóján a II. emeleti XIV. számú tantermet, ahol Bartók 1907-től 1934-ig tanított, Bartók-teremmé avatták. Később hasonlóképp Kodály, Hubay és Weiner egykori tantermét is emléktáblával jelölték meg és a mesterekről nevezték el.
Az Elnöki Tanács 1971. évi 20. számú törvényerejű rendelete értelmében a főiskola 1971. szeptember elejétől kezdve – a Liszt Ferenc Zeneművészeti Főiskola név megtartásával – egyetemi jellegű felsőoktatási intézményként folytatta működését. A Zeneiskolai Tanárképző Intézet budapesti és hat vidéki tagozata továbbra is főiskolai szintű képzést adott. Az 1975/76-os tanév legjelentősebb eseménye a főiskola fennállásának jubileuma volt. Az évfordulót gazdag programmal ünnepelték meg, amely a hallgatók számára rendezett zenei versenyből, valamint ünnepségsorozatból, és az Ujfalussy József szerkesztette emlékkönyv kiadásából állt.
Az 1976/77-es tanévben a hallgatók létszáma az egyetemi ágazaton 438 fő volt. A létszám növekedésében szerepet játszott az is, hogy egyre több külföldi hallgatója volt az intézménynek és rendszeres tanfolyamokat is szerveztek külföldi csoportok számára. Egyre nagyobb gondot okozott tehát az állandó tanteremhiány, és ekkor újból fölmerült az a gondolat, hogy vissza kellene szerezni a régi Zeneakadémia épületét. Erre csak a nyolcvanas évek elején, Ujfalussy József zenetudós rektorsága alatt (1980–1988) került sor, amikor a főiskola vissza tudta vásárolni az Andrássy út–Vörösmarty utca sarkán álló épületet. Ennek ünnepélyes megnyitása 1986-ban, Liszt Ferenc születésének 175., halálának 100. évfordulója alkalmából volt.
Az 1988/89-es tanévtől kezdve Soproni József zeneszerző kapott rektori megbízást, aki két cikluson keresztül, 1994-ig töltötte be ezt a posztot. Az 1989/90-es tanévben elindult a korrepetitorképzés, 1990/91-ben pedig újjáéledt az Egyházzene Tanszék tíz szemeszteres képzési idővel. Ugyanebben a tanévben csatolták a korábban a Bartók Béla Zeneművészeti Szakközépiskola részeként működő Jazz Tanszéket a Tanárképző Intézethez, s ezzel hivatalosan is főiskolai rangot kapott a Gonda János alapította műhely. 1991/92-ben hároméves képzés indult zenei menedzserek, valamint rádiós és tévés zenei szakemberek számára. Mind ide, mind pedig az Egyházzene Tanszékre már végzett vagy más szakokat végző hallgatók jelentkezhettek kiegészítő, illetve másoddiploma megszerzése céljából. Ugyanennek a tanévnek az elején megnyílt a kétéves hangszerészképző iskola.